レガシーコード改善ガイドが届いたので読みました。とても勇気づけられたし、レガシー改善のコーディングテクニックがいろいろと参考になりました。
個人的にはコーディング以外の開発環境やツール、スクリプト言語ならではな部分も知りたかったのでレガシーコード改善ガイド風に思いついたのを書いていこうと思います。
このPHPのコードを追える気がしません
まずは深呼吸して、コードベースをeval, create_function, extractでgrepしましょう。意外と少ないでしょう？だったら大丈夫。findとgrepとviがあればいつかは何とかなります。
バージョン管理されてません
テスト環境みたいなのがあるはず（もしくは本番環境）なのでFTPとかSCPでそれを全部もってきてgithubに突っ込む。今後、開発はそこにコミットして、アップするときもそこからアップしてねと言う。
githubを借りる許可が出なかったらその辺のマシンにgitをreposを立てる。みんなでreposを使う合意が取れなかったら自分だけでもgitで管理する。githubの利点はpull requestとコードレビューがしやすい点。
ソフトウェア資産を失わないようにという話をすれば大抵聞き入れてくれるはず。
ステージング環境がありません
その辺のマシン、もしくはさくらVPS1Gを借りてreposにpushされたらそこにデプロイされるようにしよう。（capistranoとかで）
本番環境しかないのでテストにつかうまともな初期データがありません
おそらく本番環境のDBの状態＝仕様になっているのでしょう。3桁に迫るテーブルがある場合、まっさらなスキーマから手で初期データを作っていると日が暮れてしまいます。本番のDBをdumpしてきてそれをベースにテストを実行しましょう。ボトムアップではなく、トップダウンで初期データを少しずつあるべき状態にしてきましょう。
中長期的な作業をする時間がありません
本業（デスマ）も「このくらいやってれば普通以上だろう」ぐらいやりつつ開いた時間でやろう。もしくは業務時間外でやりましょう。
頑張る気が起きません
ひどい状態なら怒られない範囲でブログに書けばネタになるし同僚や誰かが助けてくれるかもしれません。着実に改善していくところをRPGみたいに楽しもう。ナイトメアモードのゲームだと思えばやりがいがあります。