We moved the project.index (php identifier index file) to eclipse/workspace/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.resources/.projects// net.sourceforge.phpeclipse/project.index. for everey project name.
If you upgrade from 1.1.2 please delete your old project.index files and run menu Project->Clean… for all projects to create the new project.index files.
EclipseのPHP開発環境プラグインPHPEclipseの1.1.3がリリースしました。
バグフィクスと新しいショートカットができたとかぐらいのようです。その割りにproject.indexを作り直す手順が必要とか。ここは見（けん）か・・・。